Galileusz został wezwany do Rzymu przez trybunał inkwizycyjny. Wbrew obiegowym stwierdzeniom nie trafił jednak do inkwizycyjnych lochów. Odpowiadał z wolnej stopy; mógł mieszkać, gdzie chciał.
W ścisłym związku z czarną legendą inkwizycji jest tzw. sprawa Galileusza. Do dzisiaj wielu ludzi twierdzi, że Galileusz (1564-1642) został spalony na stosie za swoje dążenie do ustalenia niewygodnej dla Kościoła prawdy naukowej. Nagromadzenie fałszów i półprawd wokół relacji między włoskim astronomem a władzami kościelnymi jest wyjątkowo duże.
Jak stwierdza jeden z amerykańskich uczonych Robert Nisbet: „Mit ten jest groteskowo krzywym zwierciadłem prawdy. W tym zaś, że Galileusz był sparaliżowany strachem przed dogmatycznym zaślepieniem i mściwością Kościoła i że strach ten tak dramatycznie uszczuplił jego późniejsze dzieło, prawdy nie ma za grosz”.
Zanim Galileusz popadł w konflikt z władzami kościelnymi, znane było – także w papieskim Rzymie – jego stanowisko, w którym całkowicie popierał on kopernikańską teorię budowy Układu Słonecznego. Stanowisko to, zaprezentowane przez uczonego w 1611 r. przed papieżem i kardynałami, nie wzbudziło ze strony władz kościelnych żadnych obiekcji.
Pierwsze protesty pojawiły się ze strony kolegów po fachu Galileusza, świeckich astronomów przywiązanych do dawnej teorii (wywodzącej się jeszcze od Arystotelesa) budowy Wszechświata. To oni byli autorami donosów wysyłanych również do trybunałów inkwizycyjnych.
W 1616 r. inkwizycja (wśród członków której nie brakowało zwolenników uczonego) zakazała Galileuszowi głoszenia heliocentrycznej wizji Wszechświata bez jej należytego udowodnienia. Mógł ją głosić jedynie jako naukową hipotezę.
Pozycja Galileusza – nie tylko w jego rodzimej Toskanii, ale również w Rzymie – była dość silna. Zwłaszcza od czasu, kiedy jego przyjaciel, kardynał Barberini, został w 1623 r. wybrany na papieża jako Urban VIII.
Galileusz był częstym gościem papieża, z którym dyskutował również na tematy dotyczące astronomii i teorii opisujących budowę Wszechświata. Urban VIII zachęcał wręcz Galileusza do tego, by podjął się napisania dzieła sumującego dotychczasowy stan badań w tej kwestii. Jedyne, czego papież wymagał od swojego uczonego przyjaciela, to ujęcie tej problematyki w kategorii hipotez, bez wyraźnego opowiadania się po którejś ze stron.
Taka była geneza największego dzieła Galileusza: Dialogu o dwóch najważniejszych układach świata: ptolemeuszowym i kopernikowym. Nie bez znaczenia był przy tym fakt, że dzieło to zostało zaopatrzone w kościelne imprimatur (w późniejszym procesie ustalono, że to sam autor podrobił zezwolenie władz kościelnych).
Publikacja Dialogu ożywiła głosy niechętne Galileuszowi pośród jego kolegów astronomów. Po raz kolejny powiadomili oni inkwizycję. Galileusz został wezwany do Rzymu przez trybunał inkwizycyjny.
Wbrew obiegowym stwierdzeniom nie trafił on jednak do inkwizycyjnych lochów. Odpowiadał z wolnej stopy; mógł mieszkać, gdzie chciał. Pikanterii sprawie dodawał fakt, że główny inkwizytor był zwolennikiem poglądów Galileusza.
Ostatecznie jednak inkwizycyjny trybunał uznał w 1633 r. winę Galileusza (tj. rozpowszechnianie niesprawdzonych, nieudowodnionych poglądów). Jako karę wymierzono mu wyrzeczenie się swoich poglądów oraz codzienne odmawianie psalmów pokutnych, a za karę więzienia wyznaczono mu areszt domowy – czyli przebywanie w swej toskańskiej posiadłości, gdzie mógł dalej bez przeszkód kontynuować swoje naukowe badania. Nikt mu pracy umysłowej nie zabronił ani nie zniszczył jego naukowych instrumentów.
Przez kolejne lata Galileusz nadal pogłębiał astronomiczne obserwacje oraz utrzymywał nieskrępowane kontakty z licznymi uczonymi z Włoch i całej Europy. Publikował kolejne dzieła popierające teorię kopernikańską (w 1638 r. ukazała się w Lejdzie jego rozprawa pt. Dialog o dwu nowych naukach).
Często tzw. sprawę Galileusza myli się ze spaleniem na stosie Giordana Bruna, przy czym tego ostatniego również przedstawia się jako ofiarę „niechęci Kościoła do naukowego postępu”.
Tymczasem Bruno (ksiądz, który porzucił szaty duchowne), którego trudno zrównywać z prawdziwym człowiekiem nauki, jakim był Galileusz, był zafascynowany okultyzmem, alchemią oraz innymi paranaukowymi dziedzinami.
Najważniejszym jednak czynnikiem, który przypieczętował jego los, był jego udział w stricte politycznym spisku wymierzonym w trwałość władzy papieża w Państwie Kościelnym, a nie popieranie kopernikańskiego modelu funkcjonowania Wszechświata.
Kult Giordana Bruna jako „męczennika za postęp” rozpoczął się na dobre w II połowie XIX wieku, kiedy to po aneksji papieskiego Rzymu przez Włochy (w 1870 r.) rozpoczęło się, głównie za sprawą lóż wolnomularskich, swoiste uszlachetnianie tej postaci. Przedstawiano go już nie jako politycznego spiskowca, okultystę, ale jako „człowieka nauki” prześladowanego przez Kościół.
Włoscy masoni złożyli się nawet na pomnik Giordana Bruna, który stanął na rzymskim Campo di Fiori w latach 80. XIX wieku (fakt ten zdecydowanie oprotestował papież Leon XIII).
Nie zmienia to oczywiście faktu, że los Giordana Bruna był tragiczny, jak każdy los człowieka, który wyparł się swojego powołania oraz złamał przysięgę posłuszeństwa wobec swoich kościelnych zwierzchników.
Nie chodzi tutaj o gloryfikowanie okrutnej kary, którą poniósł Bruno, ale z drugiej strony trzeba pamiętać, że w tamtych czasach w Europie w ten sposób karano ludzi spiskujących przeciwko ustanowionej władzy.
Nie kto inny jak Marcin Luter wzywał w 1525 r. niemieckich książąt do bezwzględnego rozprawienia się z ogólnoniemieckim powstaniem chłopskim pod wodzą Tomasza Münzera (tzw. wojna chłopska).
Jan Kalwin w rządzonej przez siebie Genewie nie wahał się palić na stosie ludzi, którzy nie zgadzali się z jego wykładnią Pisma Świętego (taki los spotkał na przykład hiszpańskiego arianina Miguela Serveta).
Przy tej okazji należy zauważyć, że często pojawiające się zestawienie pojęć: „renesans – humanizm – reformacja”, sugerujące ścisły związek między tymi zjawiskami, jest zestawieniem mylącym. Warto na przykład pamiętać, że twórcy reformacji (zarówno Luter, jak i Kalwin) krytycznie spoglądali na renesans antycznego humanizmu i antycznych wzorów sztuki w XVI-wiecznej Europie.
Dla Marcina Lutra koronnym dowodem na „zepsucie” papieskiego Rzymu, który odwiedził on na początku XVI wieku, był papieski mecenat nad artystami, którzy nawiązywali do „pogańskiej” architektury, rzeźby i malarstwa. To, co także dzisiaj zachwyca miliony pielgrzymów oraz turystów odwiedzających Wieczne Miasto – a więc kaplica Sykstyńska czy Muzea Watykańskie – byłoby dla twórców reformacji potwierdzeniem „wszeteczeństw Nierządnicy Babilońskiej” (jak zwykle nazywali w swoich pismach następcę św. Piotra).
Nieprzypadkowo również inauguracja reformacji w jakimś kraju wiązała się z szeroko zakrojonym ikonoklazmem – czyli z masowym niszczeniem dzieł sztuki (przede wszystkim sztuki sakralnej). Tego doświadczyły północne Niemcy, Niderlandy oraz Anglia.
W tym samym czasie, gdy nad Renem i Tamizą niszczono tysiące zabytkowych ołtarzy, polichromii oraz rzeźb, w krajach katolickich tworzono wspaniałe dzieła sztuki. Dość wspomnieć bazylikę św. Piotra w Rzymie czy wspaniały rozwój malarstwa w XVI- i XVII-wiecznej Hiszpanii (El Greco, Velázquez).